Pri kontrole vyrobeného dielu nemožno predpokladať, že ho naskenujeme a z programu automaticky dostaneme výsledok s odchýlkami oproti CAD modelu. Inšpekčné programy nemôžu vedieť, ako má byť daný diel presne vyrobený, aké sú jeho funkčné vlastnosti a ktoré body sú dôležité pre správne zasadenie dielu do celkovej zostavy.
Z týchto dôvodov je dôležité, aby kontrolór správne zvolil na začiatku kontroly dielu správne zarovnanie naskenovaných dát voči CAD modelu. Následne zobrazené odchýlky budú odrážať realitu. Poďme sa teda pozrieť na najčastejšie používané zarovnanie:
Toto zarovnanie sa používa v prípadoch, keď nevieme, aké sú na diele východiskové body. Program sa snaží dosiahnuť minimálne odchýlky vo všetkých miestach. Najčastejšie sa používa pri plastových tvarovo zložitých dieloch vyrábaných vstrekovaním plastov. Vo väčšine prípadov by toto zarovnanie nemalo byť konečné.
Základné zarovnanie. Výberom roviny, osi a bodu zamedzíte pohybu dielu vo všetkých osiach voči súradnému systému. Plne funkčné a zmysluplné. Väčšina ostatných zarovnaní svojou funkčnosťou smeruje k tomuto princípu.
Kontrolór pomocou entít (prvkov) postupne obmedzuje stupne voľnosti pohybu skenu voči referenčnému systému. Dôležitosť entít je stanovená poradím definície od prvej až po poslednú. Zarovnanie sa vykonáva na stredný priemer definovanej entity. Pokiaľ na zarovnanie použijeme napr. rovinu, tak pri vyhodnotení môžu byť na tejto ploche odchýlky do mínusu aj do plusu.
Zarovnanie na základne je veľmi podobné zarovnanie na prvky. Líšia sa hlavne v tom, že vychádzame z prvkov, ktoré sú jasne stanovené výkresom. Pri zarovnávaní na tieto prvky sa vždy vezme maximálny rozmer. Takže ak použijeme na zarovnanie rovinu, tak na tejto rovine nebude žiadna odchýlka kladná.
Metóda RPS umožňuje vykonávať zarovnanie aj na tvarových plochách a pri definícii zarovnania je možné vykonávať takmer čokoľvek. Pri definícii musí kontrolór iba splniť podmienku zamedzenia pohybu dielu vo všetkých smeroch. Najčastejšie sa používa v automobilovom priemysle, kde je presne dané, na čo sa daný komponent bude umiestňovať, a ktoré body sú teda tie východiskové. Body môžu byť tvorené z geometrických prvkov (stred kružnice, stred gule…) alebo voľne na ploche pri zadaní X,Y,Z súradníc.